在Visual Studio中，新建一个网站有两种方式：ASP.NET Web Site与ASP.NET Web Application。与Web Site相比，Web Application有很多优势。网上已经有很多文章来讲述它们的区别了，Visual Studio的官方博客有一篇文章讲述了它们各自的优劣点。这里以Visual Studio 2010为例，新建一个Web Site的操作如下：
很简单。网站项目中除了该有的ASPX文件外，应该还有很多辅助的的CS文件，比如数据库操作的，字符串操作等等所谓的辅助类。很多时候，我们可以新建一个Class Library来包含这些文件，以达到代码复用的目的。但有些时候，很多类文件只适用于当前的网站，或者我们不想搞得那么复杂，想直接在Web Site中添加类文件。这时Visual Studio会弹出一个对话框来告诉你应该把类文件放在一个称为App_Code的文件夹中：
可以看到，这个App_Code的图标是区别与一般文件夹的：
与此类似的还有一些特殊的文件夹，我们可以在Web Site的名称上点右键，选择 “Add ASP.NET Folder”：
关于这些特殊文件夹的作用，可以查阅MSDN上的这篇文章：ASP.NET Web Project Folder Structure。
放在App_Code 文件夹中的源文件，CLR将会在运行时自动对这些代码进行编译。Web Site中的其他任何代码都可以访问产生的程序集。因此，App_Code 文件夹的工作方式与 Bin 文件夹很类似，不同之处是您可以在其中存储源代码而非已编译的代码。App_Code 文件夹及其在 ASP.NET Web 应用程序中的特殊地位使您可以创建自定义类和其他仅源代码文件，并在 Web 应用程序中使用它们而不必单独对它们进行编译。更多App_Code文件夹与Bin文件夹的介绍，请点击这里。
好了，当我们新建ASP.NET Web Application项目的时候，我们也想像这样添加一些和项目相关的类文件，而不是去新建一个Class Library。这时你会发现，Visual Studio里已经没有App_Code这个特殊的文件夹了：
于是乎，你去Google或Baidu一下，那些文章就会告诉你让你手动添加一个名为"App_Code"的文件夹。于是你也照做了，也发现Visual Studio也确实识别了该文件夹，因为它的图标和在Web Site中的一样了：
这时候，你在App_Code中添加一些.cs文件，结果发现在Code-behind中却无法引用它们了。你又去Google了一下，结果告诉你让你改变.cs文件的Build Action，将它从默认的Content改成Compile：
好了，终于可以引用App_Code中的类文件了，项目编译也能通过，貌似一切正常。估计此时你还会埋怨微软为什么要把App_Code文件夹给去掉了。
结果你一运行，问题就来了：
以上截图的这个Web Application是从博客园园友梁逸晨一篇博客里面下载的。他原来提供的是一个Web Site，我在将这个Web Site转换成Web Application的过程中发现了上述的问题。
回到上面的错误。它提示编译器在调用一个方法的时候发现了两个相同签名方法，告诉你它不知道调用哪个。一般出现这个错误，主要是由于在同一个命名空间中出现了相同签名的方法，但这样的错误在你编译项目的时候就会报错，不会等到你运行的时候才报出来。
很自然的，我们会联想到这个问题是由于ASP.NET运行时对App_Code文件夹的特殊处理而造成的。因为只有App_Code文件夹中的代码到运行时才会被编译，因此上面那个错误的大标题是"Compilation Error"，而所有其他地方有错误的代码在编译时就会报错。
让我们去Temporary ASP.NET Files这个文件夹来看看究竟。这里存放的是ASP.NET在执行期间所需的一些临时文件。
打开上面这个以App_Code为前缀的cs文件，你会发现它和项目中的App_Code文件夹下的代码文件是一样的。然后我们打开assembly这个文件夹，会发现Web Application项目生成的DLL文件，我们使用Reflector打开看看：
你会发现这个DLL里面也包含了App_Code文件夹里面的代码，因为我们刚才把它下面源文件的Build Action 改成了Compile，这样就造成了重复的类和方法。
其实解决这个问题的方法很简单，只要你将文件夹的名称改成不是"App_Code"就行了，这样ASP.NET运行时就不会对它有任何的特殊处理了。另外一个解决办法是维持App_Code下的代码文件的Build Action为Content,这样的话生成的DLL中就不会包含它，但这会造成Visual Studio的智能感知不起作用，因为这些文件将不会被识别为代码文件。
总之，微软在Web Application中去掉这个App_Code这个特殊的文件夹显然是有意为之。而我们程序员也不要自作聪明的为它加上，对网上的一些文章要抱着怀疑的态度来看待，一定要自己动手实践。
原文链接：http://www.cnblogs.com/moneyriver2006/archive/2012/05/19/2509302.html
